Co znaczy I understand her tho

To coś w rodzaju "jednak, jednakże, tym niemniej". Występuje też w wersji"though".
Czasem though to taki trochę dodatek, którego się nie tłumaczy, służy podkreśleniu treści zadania. Czyli w tym przypadku " Rozumiem ją", z podkreśleniem, że znamy i rozumiemy przyczynę jej smutku.

"Tho" to skrót od słowa "Though". Zdanie oznaczałoby więc: "Chociaż ją rozumiem", gdzie "chociaż" pewnie odnosi się do jakiejś poprzedniej wypowiedzi, w której nie zgadzamy się z osobą, o której mowa albo nie pochwalamy jej zachowania. Natomiast w jakiś sposób rozumiemy, dlaczego to zrobiła. Mam nadzieję, że pomogłam.

Edit: Teraz widzę całe zdanie i kontekst. Zatem w cytowanym zdaniu autor odniósł się nie do zachowania tylko to reakcji osoby, której zrobiło się smutno i on rozumie, dlaczego tak zareagowała.