Dlaczego po "if" nie występuje tutaj czas Present Perfect?

Sorki pomyliłem się zamiast "perfect" ma być "simple"

To, o czym piszesz, to oczywiście prawda, ale tylko częściowo.

Po "if" występuje najczęściej Present Simple (choć możliwe są i inne czasy teraźniejsze), ale jedynie w I trybie warunkowym, wtedy gdy tłumaczymy "if" jako "jeśli".
W II trybie warunkowym po "if" (gdyby) wystąpi Past Simple, a w III Past Perfect.

Poza tym "if" czasem znaczy "skoro", a w tego typu zdaniach nie ma trybu warunkowego jako takiego, więc w zasadzie można tam używać bardzo różnych czasów, w zależności od tego, co akurat chcemy wyrazić.

W Twoim przykładzie nie ma I trybu warunkowego. Tutaj "if" oznacza "czy" i wprowadza Indirect Question, czyli pytanie pośrednie (pozorne, zależne). W takich zdaniach też może wystąpić dowolny czas (jedyne ograniczenia wypływają z tzw. zasady następstwa czasów).
Present Continuous jest tu użyty dla wyrażenia czyichś (jej) ustalonych planów na bliską przyszłość.

Synonimiczną konstrukcją byłoby: ...so I don't know whether she is going with us or not.